2023年，生态环境部会同国家发改委、水利部、农业农村部研究制定了《长江流域水生态考核指标评分细则（试行）》，标志着水生态保护修复进入水资源、水环境、水生态等流域要素系统治理、统筹推进的新阶段。
水生态保护修复涉及保护水生生物、改善水质质量、提升湿地、水源涵养区及自然岸线绿色生态功能，辐射水面、水体、水底以及沿岸等多维度。为贯彻落实国家、省长江流域水生态考核工作的有关要求，2024年，我市将水生态考核部分指标纳入高质量发展绩效评价考核指标，进一步明确了水生态保护修复工作的重要性，推进长江流域水生态环境持续改善。
8月8日，市生态环境局组织召开南通市长江流域水生态考核技术培训交流会，各指标牵头部门在主会场参加会议，各地设分会场，通过视频形式参加。会议邀请江苏省环境科学研究院专家介绍了长江流域水生态考核试点工作背景、评分细则主要内容、全省水生态保护与修复工作开展情况以及我市考核评估情况，并提出了下一步工作建议；市生态环境局通报了目前我市水生态考核的现状、分析主要失分点和失分原因、布置了下一阶段工作；各相关部门围绕指标内容开展讨论。
会议对下一步水环境治理工作提出要求：
加快水生态方案编制进度。密切关注长江水生态考核体系，按照《关于加强我省长江流域水生态保护修复的指导意见》，市生态环境部门牵头做好方案编制，各指标牵头部门细化工作内容，出台南通市水生态修复实施方案，推进分类施策，着力提升水生态系统稳定性和持续性。
持续开展水生态基础研究。借助专业监测机构和研究团队力量，在考核点位附近开展加密监测，开展区域内各项指标现状以及影响因素摸底调查，获取详细数据，强化理化指标与水质情况分析，了解指标现状，科学分析问题、明确提升措施。
推进水生态保护重点工作。扎实开展长江保护修复攻坚行动，持续推进环境基础设施建设，建立部门联动机制，提升农业面源污染治理水平，开展入江排污口排查整治“回头看”，进一步降低综合污染状况，确保长江入江河流水质稳步提升。
加强水生态环境治理管控。严格长江流域水生生物生态空间管控监测，限制采捕虾、螺等底栖生物，科学实施土著鱼类增殖放流。严格管控湿地公园和自然保护区内各类开发建设活动，加强对入江排污口的监测监控，对发现问题逐项做好整改销号。
